Am Anfang des Spiels findet man Baupläne für eine Waffe gegen die Reaper, es fehlt allerdings ein Bauteil, der sogenannte Catalyst.
Im Laufe des Spiels findet man heraus, dass die Citadel der Catalyst und begibt sich dorthin.
Dort trifft man dann den Jungen in Geistform (wie im Video), der sagt: "Ich bin der Catalyst und ich habe die Reaper geschaffen, damit die organisches Leben vernichtet, damit organisches Leben kein synthetisches Leben erschaffen, dass organisches Leben vernichten."
Und weiter: "Du hast jetzt drei Möglichkeiten:
1. Alles synthetisches Leben vernichten.
2. Die Reaper kontrollieren.
3. Alles Leben halb organisch halb synthetisch machen."

Egal was man wählt es läuft die gleiche Endsequenz entweder in Rot, Blau oder Grün ab.

Obendrein ist diese Endsequenz im Wesentlichen eine Ansammlung von Plotholes.